La pistola, lo importante es que se pueda manejar el puntero (para eso sirven, no?), luego ya pues como estés más cómodo, con el nunchako pegado o suelto. Si va suelto quizás no le puedas conectar a la vez el nunchako.
Sobre la carga, ya no tengo ni idea si la wii mantiene los usb activados mientras está apagada (pero enchufada).