El problema con el Shenmue en concreto es que tenía una serie de archivos repetidos, que hacía que ocupe más de los 4.7 GB de un DVD normal de 1 capa.
Lo que se podía hacer era, con el Qwix, extraer los archivos del original, y crear una nueva ISO. Al crearla, hay una opción "Automatically cross-link identical files", que hace que los archivos se copien una sola vez "físicamente" en el disco, pero que haya tantas referencias como copias del archivo hubiera en el original, con el consiguiente ahorro de espacio que suponía.
Estoy 100% seguro de esto, porque es lo mismo que hice yo.