Alquilé hace unos años un servidor de killing floor, creo que eran 10€ o 15€ al més el servidor con 6 slots (son partidas de 6) más servidor de TS con 10 slots, y estaba como tu en cuanto a no tener ni idea de como funcionaban esas cosas.
En mi caso, y supongo que será lo normal es que en el momento que lo alquilas te abren el servidor, pasa a estar en marcha y aparece como uno más en la lista de servidores, a ti te dan los enlaces y login de la web desde donde lo configurarás y demás enlaces que necesites (como el FTP en mi caso).
Conforme te lo dan es jugable, pero lo lógico es que si lo alquilas es porque quieres modificarlo a tu gusto, el como hacerlo imagino que dependerá tanto de la empresa que te preste el servicio como del juego que se trate.
En mi caso entraba a la web de administración y habia varios apartados para ir configurando facilmente, del estilo desplegables o casillas para activar y desactivar, donde elegia por ejemplo la dificultad de la partida, duración, los mapas que queria que estuviesen, activar el votemap y las condiciones del mismo, ponerle contraseña, los logins ingame etc, además de todo lo relativo al nombre y descripción del servidor.
Por otra parte estaba el acceso al archivo .cfg e .ini donde ahí ya se podia modificar todo lo relativo al servidor, pero eso ya era a base de modificar el código cual bloc de notas y ahí si que realmente se podia fastidiar el asunto (aunque lo normal es que tengas la opción de volver a dejar todo por defecto), y sí que era necesario toquetear para según que cosas, como por ejemplo el tema de algunos mods y la gestión de las descargas ftp.
Después dentro de la partida te podias loguear como admin desde la consola y poner comandos, como dejar mensajes, kickear, cambiar de mapa y esas cosas, por algún lado habia una especie de manual de ayuda donde explicaba qué se podia hacer y como.
Tuve algún que otro dolor de cabeza, sobretodo con algunos mods y la configuración del servidor para que se descargaran bien los archivos (al principio bajaban a pocos kb/s y se hacia interminable bajar cualquier mapa nuevo, llegando a dar error) pero al final logré tener un servidor donde todo iba muy fino con unos mods decentes y balanceados y mapas custom que no se veian por otros servidores, lo que hizo que nunca faltase gente para jugar en él e incluso hice amistad con algunos asiduos.
Fue una buena experiencia