A ver, si es normal o no, la verdad, lo desconozco.
Lo que me suena es que tehan cambiado de categoría laboral por decirlo de alguna manera, estarías en algún régimen con bobificación para la empresa y te han cambiado a otro o viceversa... te han pasado de uno sin bonificación a otro con.
En principio, ni antigüedad ni vacaciones pierdes porque no ha habido un despido, eso lo marca el contrato no la seguridad social. Cambio de convenio dependerá si dentro de l amisma empresa rigen diferentes convenios para cada grupo de empelados, pero me parecería muy raro que así fuese.
Sobre lo de perfil de investigador, entiendo que está ligado con el cambio de categoría. Si no cobras según convenio, no te afecta en nada... si tu sueldo es según convenio, pues tendrías que ver las tablas salariales de tu anterior puesto y de este.