Yo estuve usando la nightly build de jDownloader (es bien sencillo switchear de ramas, basta tirar un comando por terminal y luego ejecutar jDownloader para que el haga el resto) que tiene cambios que lo asemejan mas a una aplicación nativa de OS X, como las opciones (File, Edit,...) en la menubar y no en la ventana, borde de ventana nativo, información de descarga en el ícono del dock... pero tiene fallos de todo tipo (bueno, por algo es una nightly build sin garantías) así que he regresado al stable. Es mas feo, pero funciona.
También uso Lion.