Es lógico que Cheat Engine lo detecten las suites de seguridad como malware, ya que se dedica a monitorizar y cambiar valores en la memoria de otros programas. Además como Cheat Engine es un programa abiertamente conocido, es fácil que cualquier antivirus lo detecte.
Ahora bien, que los antivirus lo detecten como virus por sus actividades sospechosas y víricas no necesariamente implica que lo sea. De hecho, descargado de su página web no tiene por qué pasar nada.