Haz una prueba recodificando los vídeos antes de subirlos, a ver si pasa por el formato original con el que los subes. Para ir rápido puedes usar Any Video Converter, que tiene un fajo de formatos diferentes (avi, mpg, mp4, mkv, mov, wmv... con códec xvid, h264, mp4, webm, mov y aac, mp3, wav, wma...)
Prueba un par de combinaciones distintas y subelo. Luego mira si se desincronizan todas, solo alguna...
Sino pues como te han dicho, vimeo o dailymotion, las mas conocidas.