Vamos por partes:
La garantía, para Amazon, supongo que funciona de la misma forma en todo el mundo, si es dentro del primer mes, puedes regresar la PS4 (Con todo lo que contenía) sin mas, pasado ese tiempo, me imagino que deveras comunicarte con servicio al cliente.
Si le cambias al HDD a la PS4, no pasa nada, ya que es un procedimiento que Sony permite y no anula la garantía, eso si, si pienesas devolver la PS4, quitale tu nuevo HDD y pone el original, para que vaya como salida de fabrica.
Si el juego viene marcado como parte de un pack (algunos ponen una leyenda para no venderse por separado) las tiendas como Game no te lo van a aceptar, en ese caso, deberías venderlo a algún particular.