Esto ya ha pasado un montón de veces, hace tiempo me paso a mí, seguro que te da mas problemas todavia. Las tcl/tk 8.4 (que son las que te instala synaptic) tienen
problemas con el kernel 2.6 de linux, te recomiendo que instales las tcl/tk 8.5 alpha y amsn 0.97 RC1 (en la busqueda en el foro de software libre busca amsn dev installer o algo asi).
Saludos
P.D.: también puedes usar pidgin hasta que las tcl/tk 8.5 y amsn 0.97 sean estables, también van muy bien