Hola,
Seguramente te ha pasado lo mismo que a mi, tienes que tener algún problema con los ficheros de configuración de aMule, los cuales están fuera de la propia .app.
Vete a /Libreria/Application Support/aMule/ y revisa los ficheros que tengas ahí. A las malas puedes borrarlos todos y volver a ejecutar aMule, se volverán a crear automáticamente. Lo malo de hacer esto es que perderás todos los créditos acumulados así como la configuración que tuvieras en el aMule.
Yo el problema lo tenía con el fichero statistics.dat, el cual ocupaba 0 bytes. Simplemente lo que hice fue recuperarlo de una copia buena de Time Machine.