a mi me pasaba lo mismo en suse, la solucion: mldonkey. es un programa "tipo demonio", el cual no tiene ni gui, pero estable 100%, si kieres controlarlo con facilidad y sin que te cargue a penas la cpu, lo puedes hacer a traves de explorador de internet (firefox en mi caso) poniendo tu IP (127.0.0.1 para looback) y el puerto 4080 (vamos, 127.0.0.1:4080). Hemigrado a debian y sigue funcionando como el primer dia.