No, yo hago lo mismo, pero primero me aseguro de que no haya canal secundario (aunque no haya audio a veces por defecto se crea una pista vacia). Una vez cargado el audio externo lo edito, es decir, lo que te comenté de la pestaña a la izquierda del video. Elejo mp3 (lame) con las opciones que yo quiera y al guardar procesa el audio. El video resultante ya tiene audio. Luego no está de más volverlo a abrir para ver si hay un desajuste en el tiempo VBR o si el indice no está al dia. Si te ocurre algo de esto le das a aceptar para que lo ajuste y lo vuelves a guardar. Obtendrás un video sin problemas de desincronizado audio-video y además no dará problemas en los reproductores caseros.
Si no te va, en las opciones de audio de la izquierda, vete a filtros y elige en el mezclador la opción mono, así te aseguras de que solo habrá una pista con el audio que tu importas.