Esa pregunta me la llevo yo haciendo 2 años. Para pasar los Flac a MP3 320 uso All2MP3, es Freeware, con otros formatos nunca me han dado buenos resultados el programa ese que dices para Mac, si es verdad que nunca probé otros formatos con este programa, pero al parecer si que se los traga.
Yo de todas maneras, recurro a Windows siempre en estos casos (al igual que para el MP3Tag, bendito programa), Easy CD Extractor del año catapun (lo conozco de toda la vida, de hecho creo que uso la versión que usaba allá por el 2003), es siempre la solución más efectiva.