Pero videos en que formato?
Los marcadores los quieres en tu PC, o que vayan alla donde vaya el video?
Si el video esta en contenedor MKV, este puede tener definidos capitulos, y posiblemente puedas hacer algo (sin recodificar, solo "remuxear") con mvkmerge (o con su mkvmergeGUI).
Si lo quieres en cualquier formato y te va bien con que los marcadores esten en tu PC, creo que con Bangarang puedes hacer algo de eso.