El diskwriter digamos que "graba" los juegos en la microsd seguidos y les asigna un hueco en la misma. Si tienes 5 juegos en la microsd y borras por ejemplo el que está en la posición 3ª, ese espacio no lo liberas realmente, simplemente lo dejas libre, porque el diskwriter únicamente podrá escribir a partir del último, es decir en el hueco que quedaría para el 6º juego. Es una limitación del modo de funcionamiento de la sky3ds para cargar backups, no del programa en sí. No sé si lo explicado muy bien.
Por eso al darle a la opción optimizer en realidad lo que hace es un backup de los juegos y los vuelve a escribir uno tras otro, ocupando los "espacios" dejados entre los mismos.
Saludos