El NDK es bastante raro de usarlo en aplicaciones normales, así que no te preocupes por eso.
Andoid Studio es mucho más potente a la hora de desarrollar para Android. Incorpora gran cantidad de herramientas específicas para Android, así como la potencia de IntelliJ, un IDE con gran capacidad para autocompletar código y encontrar posibles fallos.
En cuanto a ser pesados, tanto Android Studio como Eclipse son IDE, no editores de texto (como Sublime Text u otros parecidos). Los IDEs incorporan una gran cantidad de herramientas que, si bien al principio pueden agobiar, con el tiempo comprobarás que son espectaculares. Desde generar código de forma automática hasta analizar estructuras, conectar a bases de datos, integrarse con SCV.