Si no tienes la última versión del VLC te recomiendo que lo actualices, con la 0.8.1 algunos MP4s (en mi caso, los de Eureka Seven de AU) me daban problemas, la imagen no se veía y el sonido se oía distorsionado, pero con la última (0.8.4) me va bien todo lo que le he echado.
Saludos.