A ver, virus virus no existen. Lo que son son gusanos o troyanos.
Para el tema de gusanos la solución es facil, actualizar los programas cuando se detecta algún boquete. Para los troyanos ya hay que ir cuidadín con lo que ejecutas e instalas.
Por supuesto si sólo usas root para cuando hay que usarlo aunque se te cuele un virus sólo se podrá cargar a lo que tenga acceso tu usuario. Otra cosa es que alguien te cuele un troyano y luego se te meta un hacker/cracker y explote algún agujero de algún programa que tengas en tu máquina.
Pero bueno si lo tienes todo medianamente actualizado no vas a tener nunca ningún problema.
El Antivirus sólo en el caso de que tengas un servidor de correo y quieras escanear los mensajes para que los usuarios no se infecten (teniendo estos en este caso windows)