Apache vs Apache Tomcat

Hola, estoy trabajando sobre un servidor donde hay Apache Tomcat instalado y estoy teniendo muchos quebraderos de cabeza que supongo que tienen que ver con esto.
Yo lo poco que he tocado siempre ha sido Apache Http Server 2.X y me gustaría si podéis explicar en que se diferencian en la práctica (la teoría ya la he leído XD), a la hora de trabajar....
Es posible que algo que funciona en Apache2 no funcione en Apache Tomcat?...
Funcionan diferente los .htaccess?

Gracias.
Apache es un servidor web y Apache Tomcat es un servidor de aplicaciones. En la práctica usa Apache para php y Tomcat para J2EE.
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