Lo de el inicio a prueba de fallos, lo decía porque no podías iniciar sesión, pues igual, si era asociado a algún virus o malware que te instala algo que esté afectando a ese bloqueo en el inicio, el modo a prueba de fallos desactiva todo lo no esencial para el arranque de Windows, incluido servicios que pudieran haber sido creados por el malware.
Ahora que mencionas lo del fallo del disco duro notificado por Disk S.M.A.R.T, si que podría afectar en todo esto, prueba desconectándolo de la placa base a ver si inicias windows correctamente y eso pueda ser la causa, aunque si no es el disco duro donde tienes el Windows,como parece ser, no tendría porque afectar a la lentitud durante el uso de Windows, si en ningún momento estás accediendo al mismo porque no está siendo detectado, aunque puede que aunque no lo muestre windows, pueda estar "medio" detectándolo. pero obviamente desconectándolo completamente de la placa base es lo primero que se debería hacer.
Si aún así, el Windows te inicia mal y te sigue lento, pero has podido iniciar Windows en modo normal o a prueba de fallos. deberías mirar si hay algo no habitual, debido a virus/malware que se esté iniciando con windows y sea la causa de ese problema de inicio y lentitud.
Pulsa la combinación de teclas Windows+R y escribe msconfig y en la pestaña Inicio de windows desmarca lo que no conozcas, que pudiera ser creado por el malware, eso hará que deje de iniciarse con windows.
Escanea el Windows, con algún antivirus avast, kaspersky etc..
También, en el menú donde eliges iniciar en modo a prueba de fallos, deberías de tener la opción de cargar la última configuración buena conocida, elige esa opción por si todo el problema debido a algún cambio en la configuración de windows pueda ser la causa, y volviendo a un configuración anterior pueda resolverlo.
Si despues de todo ello no te va bien y la desconexión del disco duro problemático no mejora la situación, prueba a restaurar un punto anterior del sistema con fecha anterior a todos los problemas que has ido experimentado, lo más cercano al día que comenzaste con ellos, si es que tenías activado Restaurar sistema. Restaurar un punto anterior muy antiguo puede ser problemático.
Saludos