Por lo que comentas, más que clonar la partición quieres clonar el disco entero. Ten en cuenta que la partición de Windows va normalmente (o siempre?) acompañada de la partición UEFI que se usa para el arranque. Asegurate de que el software que utilices realice una copia/clone arrancable (bootable). Clonezilla funciona bien, pero es difícil de usar y un poco lento.