Desmultiplexar, vamos separar el audio, corregirlo con algún editor de sonido y volver a crear el archivo.
Normalmente si es el sonido más corto lo corrige avidemux automáticamente, no entiendo por que no te lo ha hecho.
A ver si te va bien así, añadir silencio al final del archivo de audio y volver a meterlo en el vídeo no lleva demasiado tiempo.
Saludos