Ya, pero es que aunque digas "algo similar a DOS" es realmente lo mismo, más aun cuando DOS es abreviatura de "Disk Operating System". El sistema operativo (Firmware en este caso) es el que se encarga no sólo de todo lo que no te gusta (Miiverse, cifrados, Streetpass, etc) si no también de darte los servicios ARM11, control de los módulos de comunicaciones, servicios 3D y demás sistemas de hardware. DOS eso también lo hacia, te daba acceso a que pudieras usar el hardware del ordenador; obviamente en menor medida y de otras formas a como lo hace a día de hoy Windows.
¿Significa esto que no puede existir un emulador en .firm? No. Ahora, la complejidad es mayúscula. Tendrías que hacer el emulador para que primero activara el acceso al hardware que requirieras (sustituyendo al firmware), para luego finalmente ponerte a emular. Y acabarías con un emulador específico y único para el hardware de 3DS. Un trabajo exagerado, vaya.