Si tienes intención de hacer algún máster un poco elitista (en el que sea difícil entrar) o el doctorado, es mejor tener un expediente sin aprobados de ese tipo, porque te rebajan la nota media.
Si no te preocupa el expediente, ningún problema.
Ese tipo de normas de aprobado automático por compensación (cumpliendo ciertos requisitos, naturalmente) se han puesto para evitar que los alumnos se atasquen en asignaturas y pierdan mucho tiempo.