Hombre si vas a usar un Hd de forma interna pues las 5400 o las 7200 se van a notar mas bien nada si acaso algo en los tiempos de carga pero tampoco mucho,para que te hagas una idea los HD internos de xbox360 o de ps3 funcionan a 5400RPM yo en la ps3 he usado uno de 2,5" de 7200RPM y algun juego mejoraba en los tiempos de carga , pasaba de tardar 8 segundos a 7, lo cual no me parece mucho.De todas formas creo recordar que si se usaba un Hd externo como la ps2 tiene USB1.1 pues los videos se trababan, asi que mejor que uses el sistema de la tarjeta de red como bien has dicho de inicio
Eso si los Hd de 7200RPM consumen mas Watios y se calientan mas, asi que yo desde luego me iria a un 5400RPM,ademas a la hora de meter los juegos desde el pc al ser juegos en su mayoria de 4,37GB el tiempo si lo conectar por IDE no diferira mucho de 5400RPM a 7200RPM en lo que es la trasferencia...De todas formas hace dos años que no toco la ps2 supongo que usaras el Hd loader
La diferencia no va a ser tan grande como pudiera parecer, al menos en mis experiencias recientes con consolas mas modernas no veo mejora en los tiempos de carga como para pensarse usar uno u otro