Jeje, eso es algo que, afortunadamente, no tienes que hacer a mano.
Primero formatea la partición como ext3, da igual que tenga sectores erroneos, para ello puedes arrancar una knoppix y hacer:
mke2fs -j /dev/hda2
Suponiendo que /dev/hda2 sea la partición que quieres formatear. Despues, con la misma knoppix y SIN MONTAR LA PARTICIÓN, haces un:
fsck.ext3 -cfv /dev/hda2
Y el te escaneará la partición en busca de sectores erroneos y los marcará para no utilizarlos. Deberás hacer esto con cada partición que quieras utilizar, y ten en cuenta que si vuelves a formatearlo deberás volver a escanear en busca de sectores erroneos. Lo mismo se aplica si lo reformateas en otro tipo de partición, como ReiserFS, FAT32 o NTFS.