Si las rajas son lo suficientemente grandes como para hacer partir el cuadro al sufrir un golpe, te recomiendo que lo repares.
Al ser aluminio la mejor forma de arreglarlo es con soldadura en TIG de corriente alterna con su correspondiente aporte para rellenar la raja.
Si no son lo suficientemente grandes como para comprometer la rigidez del cuadro, lo puedes dejar tal cual sin pintar, ya que no se va a oxidar siendo aluminio ( se le creara una capa de alumina que lo protegerá ).
Si es solo por tema estético, lo puedes pintar tranquilamente. Lo mas fácil es irte a una ferretería, y coger un bote de spray del mismo color de la bici o uno parecido.
Saludos