si son muchas muchas hojas, la primera solucion es mas optima, abultará menos y te gastaras menos dinero. si son por ejemplo apuntes que estan paginados/ordenados, me parece la mejor opcion.
la segunda es mejor para algo que tiene un nivel extra de presentacion (por ejemplo dibujos o fotografias), tambien es mas cara y abultará mas.
en mi opinion la mas optima para conservarlo a largo plazo es taladrarlo y encuadernarlo en espiral, para dejarlo en este formato
ojo, "este" formato (espiral), no el "canutillo" que es bastante mas incomodo en todo.
el problema de encuadernar en espiral es que necesitas una taladradora para el papel. esto hay copisterias donde te lo hacen (pagando) pero tiende a ser caro. si es mucho mucho lo que vas a encuadernar (1000+ hojas) sale mas a cuenta conseguirte la maquina tu. a veces aparecen en plataformas de venta de segunda mano o en algun "trastero" (obras sociales, etc)
mientras tanto puedes utilizar el metodo 1, y/o archivar provisionalmente utilizando archivadores de carton, de este tipo.
yo por ejemplo despues de varios metodos, para guardar todo el "papelajo" (facturas y similares, revistas, apuntes, etc) he optado por este metodo: archivadores. y dentro de ellos pues te cabe casi todo (folios sueltos metidos en carpetillas opcion 1 o en subcarpetas, cosas que tengo encuadernadas en espiral, cosas que he metido en fundas de plastico para archivador... hay de todo. lo unico que no cabe, son los archivadores de anilla. esos con el paso de los años estoy tendiendo a evitarlos. ocupan mucho mucho espacio.