Y si no me equivoco... la única manera es formatear ¿no?
EDITO:
OK, ya está solucionado. Lo dejo aquí por si a alguien le pasa lo mismo.
CONVERTIR DE FAT32 A NTFS
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Para convertir un volumen a NTFS desde el símbolo del sistema;
Abra Símbolo del sistema.
En la ventana del símbolo del sistema, escriba:
convert letraUnidad: /fs:ntfs