Pues a mi el VLC que tanto recomienda tanta gente, con algunos vídeos me ha dado problemas, que reproduciéndolos con otros programas como MPC-HC no he tenido problemas.
Otro asunto es que el vídeo o el audio que contengan esos archivos estén mal, pero yo de tí probaría antes con otro reproductor como el te he dicho. Con Quicktime tampoco he tenido mucha experiencia, puede que también se le "atragante" algo del formato del vídeo o del audio y con otro reproductor te vaya bien.
Si con varios reproductores distintos te va mal con todos, lo más probable entonces es que tengas mal esos archivos, con lo que aunque los recodificaras no sé si solucionarías algo, lo mismo rescatas el vídeo o el audio, pero no ambas cosas.
Saludos.
