Si con el Flashfxp te ha dado problemas, prueba a usar el cliente de FTP del explorer, es lento como el caballo del malo pero funciona.
A mi me paso que con el Flashfxp en principio sin problemas, siendo la version shareware, ahora, una vez registrado no nos permitia borrar los archivos, asi que puede que lo tengas mal registrado o algo por el estilo (tampoco indague mucho sobre esto, solo se que con el explorer rulaba y con eso me basto ^^)