Que te peguen saltos los mpg leidos desde el el cd es normal ya que cuando te pegan esos saltos es que la consola esta guardando el archivo en la memoria cache y por eso te dan esos parones.
Y para que el media player te lea los archivos desde el Hd lo que tienes que hacer es editar con el bloc de notas el archivo config.xml del media player y donde veas la linea que te ponga
HDD
e:\videos (Aqui tienes que ponerle la ruta donde tu tengas los videos)
Lo de e:\videos es lo que tienes que cambiar si es que los videos los tienes en una ruta distinta
Y asi lo haces con las demas opciones de musica, pictures....