Hombre has usado msdos y tiene un limite de 8 caracteres+3 de extensión. Si hubieses usado un S.O. sin ese inconveniente no te habría pasado, ahora no tiene arreglo mas que tu renombrarlos a mano.
Siempre es bueno que tengáis algún CD o pendrive con un S.O. arrancable desde el para apuros, cualquier linux que pudiese arrancar en Live te hubiese permitido copiar esos datos a donde te hubiese dado la gana, haber grabado un CD/DVD (si no es desde donde ha arrancado), a otro dispositivo usb si se le da permisos de grabación, haberlos enviado por correo o meterlos en un servicio en la nube o donde se te ocurriese.