Cat6 está orientado para conectar en rosetas no directamente en rj45, lo comprobarás fácilmente porque vas a mear sangre para criparlo, sin embargo se puede y funciona, eso sí, no esperes que que la gamuza entre completamente porque es literalmente muy díficil que la presilla del rj45 enganche la gamuza porque esta no llega del todo.
Mi recomendación en tu caso es que uses cat5 que es más que suficiente, incluso recomiendo el uso de rosetas, pero si ya tienes el cat6, usa rosetas para que no te llamen cada dos por tres porque están perdiendo conexión.
En racks, si el presupuesto ayuda, suelo recomendar comprar latiguillos para evitar que por ahorrar costes luego en el lugar más crítico del sistema te rebanes los sesos.
saludos.