Bueno, segun entiendo quieres correr una version del HDL desde otro HDL/HDA, es decir, instlaste un disco del HDL en el disco duro y lo quieres ejecutar desde ahi, ¿no?.
Tan solo ve a la seleccion de Modos y usa la opcion 3 y opcionalmente la 1. COn la 3 haces que se borre de la memoria de la consola las instrucciones de HDL que utilizas para ejecutar el otro HDL/HDA, si no lo haces tendras conflictos al estar las instrucciones de ambos programas peleandose por el control del disco duro.
Ahora bien, ¿no seria mas facil hacer un exploit o si tienes chip, grabar un CD/DVD con el HDL que andas probando?
Por otro lado, si ya usas un exploit con el KL o el LaunchELF y tienes copiado el archivo ELF del HDL en el disco duro en alguna particion creada con el PS2OS o el HDDFormat, pues solo asociala a un boton de la forma habitual, ambos programas pueden correr programas que esten desde CD/HDD/PenDrive USB sin problemas.