Cuando mas han podido arrancar windows 3.11 y sin tomar en cuenta que la resolucion y el consumo de memoria (aun en "aprueba de errores") resulatria muy complicado de trabajar en tu hack..Tambien creo recordar este emulador no soporta algunas funciones por ende si fuera posible le llevara algo de tiempo al autor lograr que funcionara perfectamente..
Igual depende tu hack de que sea, puede que haya aplicaciones que puedan correr en dos (digo de GBA para atras) claro que si sabes lo que haces (un trabajo a la antigua) podrias apoyarte en un editor hex para dos...