Si que es posible.
Lo unico que tienes que hacer es instalar tu distro. LLegara un punto que en teoria deberia preguntarte donde instalar el gestor de arranque, evidentemente tu le dices la disquetera. En caso de que pase de ti, no te pregunte o no te dee la opcion de la disquetera, no lo instales.
Sino lo instalas, la primera vez que lo arrancas tienes que configurarlo. Puedes usar lilo, grub, etc...
Yo personalmente uso grub, me parece mejor, pero lo instalo en el MBR y no me ningun problema. Pero no se instalarlo en un disket. supongo que con "man grub" te dira algo. Leetelo y haber si lo consigues.
Sino puedes usar lilo. Debes primero configurar el fichero /etc/lilo.conf
Para configuralo, haz "man lilo.conf", no deberias tener problemas para configurarlo, es bastante sencillo.
Luego de configurarlo adecuadamente haces "lilo -b /dev/floppy" y te lo instalara en el disket. Ojo, comprueba la opcion -b, no estoy seguro de que sea esta!, haz de nuevo man lilo. y busca la opcion para elegir "device".
Espero que te haya servido de ayuda
Un saludo