Creo que lo más barato y cómodo sería aplicarle alguna masilla de esas que son de dos colores que se endurecen al poco tiempo de mezclarlas, moldear la masa y lijar con cuidado luego para dejarla a la altura del aluminio para aplicarle luego pintura de un color que sea lo más parecido y que no se quite fácilmente con el día a día.
Seguramente haya varias soluciones caseras por internet y youtube para este tipo de cosas.
Si puedes extraer el disco duro antes de provocar cualquier tipo de vibración mejor, yo tengo el MacBook 13" 5,1 que también es de aluminio y se extrae fácil porque estaba diseñado así, pero no sé cómo será en los Pro y los modelos nuevos.