Entonces, simplemente edita el fichero hosts de tus windows para que "resuelva" las ips de la gigabit, o si quieres ir un nivel más abajo crea una ruta a mano para cada ip de la red gigabit en la que tengas recursos compartidos.
Igual estoy diciendo tonterías, pero sin un contexto más claro entiendo que tu problema es que cuando accedes a "server1" para agregar una carpeta compartida lo haces por nombre no por ip, y que sólo tienes router en la red 100, por lo cual cuando el equipo pide al router que le resuelva "server1" le va a responder una ip del rango de la red 100, nunca de la 1000.
Un saludo.