Primero de todo, no se, si este hilo estará en el subforo adecuado, pero creo que la solución pasa por Apache y eso si es SL.
No se si sabreís, que IIS funcionando en un server 2003 de 64 bits, da más problemas que el copón y uno de ellos, es hacer casi imposible, ejectuar simultaneamente aplicaciones web de ASP.NET y de ASP.NET 2.0.
He encontrado tutos en el idioma sespir (ingles vamos) pero eso, que me me gustaría conocer opiniones de primera mano sobre este tema y si es viable...
En principio, no tendría problemas en dejar la apliaciones de 2.0 en IIS y el resto en otro servidor web