Yo también creo que deberías de haberlo preguntado en el hilo oficial de Ubuntu.
Sobre el problema de los discos duros, tienes que hacer que te los monte automáticamente cada vez que enciendes el ordenador.
Para hacerlo fácil, vete al centro de software de Ubuntu, y escribe Pysdm, te aparecerá un programa que se llama "Gestor de dispositivos de almacenamiento". Sino lo tienes instalado ya, instalalo.
Una vez instalado, te aparecerá con el nombre de "Dispositivos de almacenamiento".
Te metes dentro del programa, y te aparecerán tus discos duros, le pinchas al botón "por defecto", y luego al de asistente, y verás que hay una casilla que pone "Montar el sistema de ficheros en el arranque", pues asegúrate que la tengas marcada, y sino es así, la marcas. Aplicas los cambios, y ya esta. Reinicia y veras como los discos te salen directamente en Unity.
Sobre lo demás, los programas que tienes abiertos te salen en la barra de Unity mientras están abiertos. Una vez los cierras desaparecen. Eso pasa con los programas de los cuales no tienes lanzador en Unity. Sobre los programas que tienen lanzador en Unity(ej : firefox), veras que te sale una flechita al lado izquierdo del icono, eso quiere decir que lo tienes abierto pero en segundo plano.
En cuanto a los lanzadores a la vista, no se si hablas de incorporarlos a Unity. Si es así, solo tienes que arrastrarlos dentro y ya está.
Y sobre lo del cambio, te vuelvo a remitir al hilo oficial de Ubuntu 11.04, pero te adelanto que a mi me encanta Unity, me parece muy bonito, práctico, rápido, elegante y sencillo.