El formato .ciso lo lee uloader, pero es mejor .wbfs (Wii Backup File System) porque se basa en el que usa la wii.
Uloader está descontinuado, y no lee .wbfs, PERO es muy recomendable para instalar juegos en wad.
De hecho, se instalan con ShowMiiWads en una emunand (copia del sistema en disco) o desde uloader en "su" emunand. En ambos casos puedes usar juegos de varias regiones, lo peor que puede pasar es que no funcione alguno.
La carpeta de la emunand la puedes indicar en el lanzador que uses, para poder jugarlos. Además, la puedes usar para guardar las partidas de la mayoría de juegos. Se acabó el problema de falta de espacio en la wii. Para las partidas, prueba con tipo de emulación: parcial.
La carpeta games es para los juegos de gamecube, los carga nintendont, y se pueden cargar desde el lanzador, al igual que los wad.
En resumen.
/wbfs juegos de disco
/nand/.. emunand con juegos wad y partidas guardadas
/games juegos de gamecube
Todo cargado desde tu lanzador favorito. El mío, CFG