Pues descartando que es un problema del Atomix, ya que dices que pinchando te funciona bien, la tarjeta deberia grabar lo que sacass de la mesa. a no ser que la salida rec este jodida..
Se me ocurren dos cosas:
Que la salida Rec de la mesa mete caña y satura la entrada de la tarjeta de sonido, oirias mucha distorsion, no creo que sea eso por lo que dices...
Otra cosa que se me ocurre es por falta de procesador (o velocidad de disco duro ???) o que la tarjeta sea Half-duplex, aunque esto del half-duplex es de tarjetas antiguas.
Que pc usas, y que tarjeta??
te ocurre con otros programas o solo con el Atomix??
mira esas cosas, epero que des con el problema...
Saludos