No estara usando el tiempo DELAY que tiene establecido el stream de audio y por ello queda desincronizado, el delya es precisamente un tiempo de espera para la reproduccion, asi empezaria el audio unos microsegundos despues que la reproduccion del video, y me parece se deja para permitir al buffer de video tener unos segundos de video ya cargado y tener la reproduccion de video mas suave posible.
Con mediainfo o algun otro programa que permita ver los datos del contenedor de video [TS para el video en el bluray] podrias ver cuanto delay hay en el stream de audio [o audios] y verificar que se este usando ese mismo tiempo en el Rebuilder.
Tambien, debe o puede venir un archivo TIMECODE que sirve tambien para mantener sincronizada la velocidad de reproduccion todo el tiempo.