No, Java no tiene nada que ver con Javascript. Javascript no hace falta desactivarlo, es más casi ninguna web de hoy en día no hace uso de éste por lo que tendrás muchos problemas de navegación en páginas dinámicas si no está activado.
Java es un entorno de máquina virtual que desarrolló Sun, y que ahora es de Oracle, para ejecutar el mismo programa sobre cualquier plataforma (que tenga Java claro), y extendido al web. Lo peor es que siempre ha estado lleno de vulnerabilidades, entre las peores la de poder ejecutar programas a su antojo en la máquina cliente, lo que propicia inseguridades y virus por doquier (y de hecho así es).
Han tenido mucho tiempo para crear una plataforma más segura y han pasado olímpicamente, pues nada a erradicar Java en pos de un Internet más seguro, que éste no hace nada que no se pueda hacer con PHP y HTML5+Javascript, y además mucho más lento y dependiendo de plugins de terceros.