Para hacerlo con el Bin2boot, que yo sepa, puedes hacerlo de la siguiente manera:
- Con los archivos sueltos en el disco duro, los grabas en un cd (mejor si es regrabable).
- De ese cd, haces una imagen iso, cdi o como te permita el programa.
- Y con esa imagen utilizas el Bin2boot, que te creará otra imagen, la definitiva.
Suerte.