La idea de mandarla en PDF es que se mantiene toda la maquetación y diseño en cualquier dispositivo donde se abra el archivo, y se incrusta todo dentro del propio archivo (tipografías, imágenes...). También evita que se pueda modificar algo y guardar por accidente. Además, es lo estándar y profesional.
Alguien que busque activamente modificarla lo va a hacer incluso aunque se la mandes en papel, y sería un problema para los dos si no coinciden los importes al declararla. Pero diría que más problema suyo que tuyo.
Como te dicen, lo mejor es que uses algún software. Te lleva la numeración, ejercicios, exportaciones trimestrales... Yo uso una versión gratuita de FactuSol del año de la tos, simplemente copio la carpeta de aquí para allá (sin instalarlo, copiar y pegar) y dentro de la carpeta ya están las bases de datos en Access, mis propios diseños de facturas, clientes...