AWN necesita un gestor con composición, como mutter (el gestor de ventanas de gnome 3), kwin4 (el de kde4), compiz, metacity con la composición activada y alguna opción más. Sin uno de esos gestores de ventanas, no soporta transparencias.
Un gestor de composición usa la gráfica de modo que los juegos pierden algo de rendimiento, dependiendo de la gráfica.
Puedes activar la composición de metacity mediante gconf-editor, no recuerdo la clave en concreto, busca "composite" y lo encontrarás.