Lo mas probable es que divx y xvid no estén tan preparados para codificar con varios cores, empiezan a ser bastante obsoletos.
De todas formas puedes probar con Handbrake a ver si te mejora un poco los tiempos de codificacion, al fin al cabo no buscas pasar filtros ni hacer retoques así que te serviría, ya solo es ver si rinde mas o no.