No, no se resetean los trofeos por los backups exclusivamente, eso es algo que pasa con originales tambien. Ocurre ocasionalmente que cuando metes un juego bajo algunas condiciones el juego se resetean los trofeos, pero si sincronizas online los recuperas. Lo que pasa es que claro, no puedes sincronizar si estas con la 3.41 :3
A mi me ocurrio eso despues de restaurar una copia de seguridad del HDD (de forma legal con las herramientas de la consola) sincronice online y me salieron los trofeos, pero otro dia fui a jugar al Demon's Souls y empezaron a saltarme los trofeos que ya tenia, miro y me salia que tenia el 1%, luego sincronice online y ya se volvio a poner al 100%.